“中心”由学院管理。主任1人（全面负责“中心”的建设、教学、研究和管理等工作），副主任1人（负责“中心”日常工作、实验教学安排、设备采购与管理等工作）。
“中心”遵照学校颁布的相关规章制度规范化运行。同时，学院建立了一套适宜“中心”的管理体制和实验室开放运行机制，包括各种实验室管理职责、安全及设备仪器管理规章制度，制定了学生实验规则，实验质量评价体系和实验室人员的考核体系，对实验教学的质量进行有效的控制。
“中心”实验管理采用实验室和网络预约的方式进行，实行工作时间全面开放、假期和周日预约开放。
“中心”人员采用专兼职结合、分工负责的管理模式。专职教师负责各自分实验室的实验教学运行、实验教学改革规划与执行、分实验室建设，专职教师除承担实验教学外也承担理论课程教学和科研工作。专职实验技术人员主要承担各自分实验室设备管理、实验预约、实验室安全等工作，专职实验技术人员也承担实验教学工作并根据各自专长适当承担实训或部分理论课教学。“中心”兼职教师以理论课教学和科研工作为主，根据需要承担实验教学任务。兼职教师也为“中心”的建设进行规划与把关。
“中心”的日常运行经费由学校每年初按学生人数一次性下拨；设备一般性维修费用由学校按“中心”设备总值专款一次性拨入“设备维修费”；大型、精密设备维修由“中心”向国资处提出申请，批准后进行设备维修并由国资处从校专用基金中列支；实验室改造或维护费用由“中心”经学院向学校提出申请，经学校批准后由相关处室负责施工，从学校经费列支。
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管理模式